新中国成立以后，姚依林在国务院财贸部门工作，在陈云领导下处理经济建设事务。上世纪60年代初，国家经济遇到问题，群众生活受到影响，陈云和姚依林建议从国外买进粮食来缓解压力。1961年2月28日，中央批准这项办法，当天姚依林联系陈云，汇报总理同意进口粮食，陈云指示增加数量。粮食部一位副部长后来回忆，当时有些人觉得进口粮食不对头，但陈云提出，总理同意，可能还报告给毛主席，很快就定下来。姚依林忙于粮食调拨，从加拿大和澳大利亚买进大批粮食十大炒股配资平台，这批粮食运到后分发各地，缓解了粮食短缺。
陈云觉得进口粮食只是临时措施，要想长远，得调动农民积极性。他在1962年提出分田到户的想法，对姚依林说当前包产到户不如分田到户彻底，先试试分田，以后再集体化。姚依林考虑后说毛主席可能不同意，陈云说毛主席实事求是，他去说。姚依林劝说需慎重，估计通不过。后来毛泽东不同意分田到户，陈云受到冷遇。
1977年党的十一大，陈云当选中央委员，没进政治局。1978年11月，中央在三中全会前开工作会议，王震在会上建议选陈云担任副主席，不少同志反映这个意见，与会者响应。12月1日，邓小平谈人事安排，至少加几个政治局委员，包括陈云兼纪委书记，还有邓颖超和胡耀邦。但会上有人反对，说毛主席讲过陈云一贯右倾，不能重用。
12月3日，姚依林在西北组会上发言，支持王震建议，让陈云担任副主席并参加政治局常委。理由是陈云是中国工人运动老领导人，是现存党的六大中央委员，在八大上当选副主席，现在八大副主席只剩陈云一人。对于一贯右倾的说法，姚依林反驳，全国解放以来，陈云在毛主席领导下，任弼时逝世后参加书记处，主持财经工作。在财经统一、稳定物价、抗美援朝、粮食统购统销、资本主义工商业公私合营、制定第一个五年计划等方面，他的做法经得起历史检验。姚依林发言得到参会者赞同。不久，陈云在十一届三中全会上增补为政治局常委、中央委员会副主席。
1979年10月17日，陈云做检查确诊结肠癌，需要手术。手术前，他嘱托姚依林复查潘汉年案件。陈云知道手术有风险，把这当成政治嘱托。潘汉年案让陈云不安，作为上海特科旧识，他不接受潘汉年内奸结论。他对姚依林说潘汉年若叛变，上海党组织情况他都知道，为什么刘晓那些人没被捕。
姚依林组织复查，联系解放前在上海负责秘密工作的刘晓写材料，又找抗战时期在香港与潘汉年共事的廖承志提供证明。廖承志表示潘汉年搞对日伪情报，必须接触日伪人员，否则情报来源成问题，不信他是汉奸。潘汉年若真是汉奸，太平洋战争前后能出卖上海香港组织，但直到解放，潘汉年知道的香港电台组织没损失。潘汉年若当汉奸，不会不出卖部下换好处。在姚依林推动下，1982年8月23日，中共中央发出为潘汉年平反昭雪、恢复名誉的通知。
1979年7月，姚依林任国务院副总理，继续在陈云指导下处理国民经济调整事务。陈云在工作会议上发言，推动经济政策转变。姚依林在经济战线上协助陈云，处理进口粮食和农村政策调整等事宜。陈云在60年代初提出进口粮食时，姚依林执行调拨，确保粮食分发到位。分田到户建议虽没通过，但反映出陈云对农村生产的思考。姚依林在劝说时表达顾虑，体现了党内讨论的谨慎。
工作会议上，王震的建议得到响应，邓小平的表态推动人事变动。反对意见基于过去说法，但姚依林的反驳列举事实，改变了会议氛围。陈云当选后，担任纪委书记，推动平反工作。潘汉年案复查涉及收集材料，姚依林协调相关人员，提供证据。廖承志的证明强调情报工作特性，刘晓的材料补充上海情况。平反通知撤销原结论，恢复党籍，追认功绩。
陈云在财经工作中的作用，经历史检验。姚依林在支持陈云时，强调其历史地位。八大副主席只剩一人，这点成为关键理由。工作会议持续一个多月，主题从农业转向全面调整。陈云在会上就历史遗留问题发言，得到拥护。姚依林的发言在小组讨论中起作用，推动全会选举。
经济调整时期，姚依林作为副总理，参与比例失调纠正。陈云提出用几年时间调整，政治局讨论采纳。潘汉年平反后，影响党内氛围。姚依林在复查中努力，确保事实清楚。陈云手术后，继续关注经济和历史问题。
进口粮食措施在60年代缓解危机，姚依林指导从国外购入。陈云视察港口，检查接运工作。分田建议虽受阻，但陈云坚持实事求是。1977年十一大后，陈云逐步恢复工作。1978年工作会议成为转折，王震建议开启讨论。邓小平人事意见包括陈云， opposition基于旧说法。姚依林发言旗帜鲜明，支持并反驳。
全会增补陈云等，标志领导层调整。姚依林后来在经济领域继续贡献。潘汉年案从1979年启动复查，到1982年结案。陈云嘱托姚依林，体现了信任。复查过程细致，收集多方证明。通知发出后，公开恢复名誉。
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